A、噬菌体只含有DNA一种核酸，且嘌呤碱基总数等于嘧啶碱基总数，这与题意不符，A正确；
B、烟草花叶病毒只含有RNA一种核酸，其中嘌呤碱基总数一般不等于嘧啶碱基总数，与题意相符，B错误；
C、禽流感病毒只含有RNA一种核酸，其中嘌呤碱基总数一般不等于嘧啶碱基总数，与题意相符，C错误；
D、果蝇含有DNA和RNA两种核酸，其体内嘌呤碱基总数一般不等于嘧啶碱基总数，与题意相符，D错误．
故选：A．