A、一个公园中的花卉包括多种生物，不属于一个种群，故A错误；
B、一个牧场里的家畜包括牛、猪等多种生物，也不属于一个种群，故B错误；
C、一条河里的鱼包括鲢鱼、草鱼等多种鱼，属于多个种群，故C错误；
D、一个蜂巢里的蜜蜂属于一个种群，一般雄峰的数量多于雌蜂，故D正确．
故选：D．