A、凉开水中含有水分子，水分子中含有氧原子，故A错误；
B、因动物呼吸需要氧气，则凉开水中几乎不含氧气而使鱼死亡，即凉开水中几乎不含氧分子，解释合理，故B正确；
C、凉开水中所含的氢分子很少，但这不是金鱼死亡的原因，故C错误；
D、凉开水中含有水分子，水分子中含有氢原子，故D错误；
故选：B．