细胞质基质：是活细胞进行新陈代谢的主要场所,其为新陈代谢的进行,提供所需要的物质和一定的环境条件.例如,提供ATP、核苷酸、氨基酸等.
线粒体基质里面也含有各种各样的无机盐和其他的有机物等,但是最重要得也是与呼吸作用有关的酶和少量的DNA；
叶绿体基质：叶绿体内膜所围空间内除类囊体之外的所有液相物质.叶绿体基质里面含有各种无机盐和其他的一些有机物,如糖类,ATP和蛋白质等,其中最重要的是与光合作用暗反应有关的酶和少量的DNA；
三者之间的关系：
细胞质基质相当于一条河,线粒体和叶绿体相当于河里的鱼,线粒体基质和叶绿体基质就是鱼肚子里的东西.
就是这么回事.