A、在一定的自然区域内，所有的种群组成一个群落，包括浅海中植物、动物和微生物，故A正确；
B、生活在同一区域的同种生物的全部个体为种群，故B错误；
C、在一定的空间和时间内，在各种生物之间以及生物与无机环境之间，通过能量流动与物质循环而相互作用的一个自然系统为生态系统，即浅海为生态系统，故C错误；
D、生态因子是指对生物有影响的各种环境因子，包括光照、温度和水，故D错误．
故选：A．