A、基因突变不改变花色基因中的碱基组成，基因均含有A、T、C、G四种碱基，A错误；
B、基因突变是碱基对的替换、增添和缺失，其结果是产生新的等位基因，它们的差别在于碱基序列的不同，B正确；
C、基因突变不会改变细胞中DNA分子的数目，C错误；
D、细胞中的RNA含量与细胞蛋白质合成功能强弱有关，D错误．
故选：A．