A、利用稀释涂布平板法准确估计菌落数目的关键是恰当的稀释度，稀释倍数太低，菌落太多会长在一起，稀释倍数太高，平板上菌落数目过少，都不易进行计数，A正确；
B、若要判断选择培养基是否起到了选择作用，需设置接种了的没有选择作用的细菌通用的牛肉膏蛋白胨培养基作对照，B正确；
C、将实验组和对照组平板倒置，30～37℃恒温培养24-48小时，C错误；
D、计数时通常选择菌落数在30-300之间的实验组平板进行计数，D正确．
故选：C．