A、一个苹果是果实，属于六大器官之一．故A正确．
B、一株苹果树是由根、茎、叶、花、果实和种子六大器官构成的植物体．故B错．
C、苹果的果皮主要属于保护组织．故C错．
D、苹果的果肉是由果肉细胞形成的，富含营养，属于营养组织．故D错．
故选A