1."They have been gone" - 这里是一个对已成事实的描述 - been可以这么理解；就如同"This place has been destroyed"一样,gone 和 destroyed是对一个状态的描述,作用同形容词；从go这个动词分析,是一个不及物动词,不及物动词一般不具有被动用法 - 所以,第一句不是被动态.
2."They have gone" 不如 "They are gone" 口语化 - 但是 是合乎语法且可接受的说法.
PS：