A、水蒸气遇冷凝结成水的过程中水分子没有变化，属于物理变化；
B、蔗糖和水混合后得到糖水的过程中水分子没有变化，属于物理变化；
C、水通电变成氢气和氧气的过程中，水分子发生了改变，生成了氢分子和氧分子，属于化学变化；
D、多级闪急蒸馏法淡化海水的过程中水分子没有变化，属于物理变化．
故选C．