A、基因频率改变的原因是突变和基因重组、自然选择，而个体数量减少并不一定导致基因频率改变；故A错误．
B、种群数量减少，如果遇到突发情况，则很容易灭绝，从而丧失遗传基因的多样性；故B正确．
C、地理隔离导致基因不能交流，但种群数量减少，种群基因频率不一定改变，进而导致生殖隔离；故C错误．
D、小种群个体数量减少，生活条件更加充裕，种内斗争减弱；故D错误．
故选B．