A、噬菌体是DNA病毒，只含有DNA一种核酸，且DNA为双链结构，遵循碱基互补配对原则，因此其嘌呤碱基数目和嘧啶碱基数目相等，这与题干内容不符，A错误；
B、大肠杆菌是原核生物，含有DNA和RNA两种核酸，且DNA中的嘌呤碱基数目和嘧啶碱基数目相等，而RNA中的嘌呤碱基数目和嘧啶碱基数目一般不相等，因此可能会出现题中比例，B正确；
C、烟草是真核生物，含有DNA和RNA两种核酸，且DNA中的嘌呤碱基数目和嘧啶碱基数目相等，而RNA中的嘌呤碱基数目和嘧啶碱基数目一般不相等，因此可能会出现题中比例，C正确；
D、烟草花叶病毒是RNA病毒，只含有RNA一种核酸，RNA为单链结构，其中嘌呤碱基数目和嘧啶碱基数目一般不相等，因此可能会出现题中比例，D正确．
故选：A．