总的来说,食用菌与后三者都是既有互利关系又有互害的关系.
食用菌与动物之间关系：动物既是食用菌孢子传播的媒介或是两者具有共生关系,如白蚁和鸡枞菌,同时动物也是给食用菌传播杂菌和害虫的媒介；
食用菌与植物的关系：植物可以为食用菌提供养料、氧气、遮阴环境,而食用菌可以为其提供二氧化碳,分解植物残体,也有可能导致树木病害的发生,两者还可以共生形成菌根；
食用菌与微生物的关系：食用菌属于真菌,自然也属于微生物范畴,其他的微生物既可以为食用菌制作发酵料,有的还能刺激食用菌出菇,还有两者之间呈伴生关系的；与此同时,有的微生物还会污染培养基,争夺营养物质,侵染食用菌,导致各种病害.