这是一个简单句,a clever boy作him的宾语补足语.当然它也可以转换为主从复合句：His mother found （taht）he was a clever boy.你所提到的“为什么不是is a clever”估计就是指后一种句式,但是一般情况下,宾语从句中的谓语动词要和主句中的时态保持一致,所以应该用was,而不是is.