where.
首先,如果只用where,这句话便是介词宾语从句,从句补全就是she stayed in the hotel,那么where指代的就是hotel.
其次,it is...that...这个是一个固定的强调句句型,it is和that 之间的成分是强调的部分希望引起听话者的注意.但是强调句的一个原则是把it is和that去掉,剩下的部分必须是一个完整无误的句子,如果这题填that,那么去掉it is 和that,句子不是完整的句子,不能成立.