1、原核生物基因组很小,一般只有一条染色体；而真核生物基因组结构庞大.
2、原核DNA分子的绝大部分是用来编码蛋白质的,只有非常小的一部分不转录,这与真核DNA的冗余现象不同.
3、原核生物DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因,往往丛集在基因组的一个或几个特定部位,形成功能单位或转录单位,它们可被一起转录为还有多个mRNA的分子,叫多顺反子mRNA,而真核生物中没有这种结构,只有单顺反子.
4、原核生物基因组中还有重叠基因.
5、真核生物基因组含有大量重复序列.
6、真核生物基因不连续,有内含子、外显子；原核生物则没有.
以上是我在分子生物学课上学到的,希望对你有所帮助.