A、杂合红眼雌果蝇×红眼雄果蝇，后代中白眼都是雄性，红眼有雌性也有雄性，所以通过眼色无法直接判断子代果蝇性别，A错误；
B、白眼雌果蝇×红眼雄果蝇，后代中白眼都是雄性，红眼都是雌性，所以通过眼色可以直接判断子代果蝇性别，B正确；
C、杂合红眼雌果蝇×白眼雄果蝇，后代中白眼有雌性也有雄性，红眼有雌性也有雄性，所以通过眼色无法直接判断子代果蝇性别，C错误；
D、白眼雌果蝇×白眼雄果蝇，后代都是白眼，有雌性也有雄性，所以通过眼色无法直接判断子代果蝇性别，D错误．
故选：B．