后口动物的胚胎发育是辐射不定型卵裂.在原肠期的后期,与原口相反一端的内外两胚层相互贴紧,最后穿成一孔,成为幼虫的口,后口动物因此得名.在原肠期的后期,与原口相反一端的内外两胚层相互贴紧,最后穿成一孔,成为幼虫的口,后口动物因此得名.这些动物的原肠背部两侧,内胚层向外突出成对的囊状突起——体腔囊,体腔囊和内胚层脱离后,在内、外胚层之间逐步扩展成为中胚层.这种形成方法称为肠体腔法（见体腔动物）.半索动物门、毛颚动物门、棘皮动物门、脊索动物门动物均为后口动物.它们是动物进化的主干.
较早的后口动物还有毛颚动物.
从胚胎发育过程来看,苔藓、腕足和帚形等动物兼具原口和后口动物的特点,一般认为它们是由原口向后口动物的过渡类型发展而来的.
可能是这样的：扁形动物——帚形等动物的祖先——毛颚动物的祖先——棘皮动物的祖先——半索动物的祖先——脊索动物.