使用blastn里面的 “Align two or more sequences”,出现两个输入序列的窗口,分别输入基因组序列和mRNA序列,mRNA序列最好只选取CDS输入进去.
出现比对结果后,CDS序列会和基因组相应的部分区域完好的匹配,出现几段区域就应该有几个外显子.
但是这样的比对不能很好的区分内含子和外显子的边界,内含子和外显子的边界序列最好根据GT.AG规则去手动分辨,一般内含子的边界序列都有典型的特征：5'GT.AG3',同时还要兼顾mRNA各外显子的连续性,不要出现重叠区域.