A．根据N（分子数）=nN_A知，物质的量相等的氢气和氦气，其分子数相等，一个氢气分子中含有2个氢原子，一个氦气分子中含有一个氦原子，所以其原子个数不等，故A错误；
B．根据N（分子数）=nN_A知，物质的量相等的氢气和氦气，其分子数相等，一个氢气分子中含有2个质子，一个氦气分子中含有2个质子，所以含有的质子数相等，故B正确；
C．根据m=nM知，等物质的量的氢气和氦气，其质量与摩尔质量有关，氢气的摩尔质量是2g/mol，氦气的是4g/mol，所以其质量不等，故C错误；
D．气体摩尔体积未知，导致无法判断其体积大小，故D错误；
故选B．