A、摘除棉花的顶芽，降低了侧芽部位的生长素浓度，促进侧芽的生长发育，与植物生长素（生长素类似物）的生理作用有直接关系，A正确；
B、芽和幼叶能产生生长素，生长素能促进扦插的枝条生根，因此扦插时，保留芽或者幼叶的插条容易成活，与植物生长素（生长素类似物）的生理作用有直接关系，B正确；
C、成熟的木瓜中含有乙烯，乙烯能存果实成熟，因此将成熟的木瓜放入未熟的柿子中，有利于柿子成熟，与植物生长素（生长素类似物）的生理作用没有直接关系，C错误；
D、生长素能促进子房发育成果实，因此在没有受粉的雌蕊柱头上喷洒一定浓度的2，4-D溶液，促进果实的发育，获得无子果实，与植物生长素（生长素类似物）的生理作用有直接关系，D正确．
故选：C．