A、杂交育种的目的是为了获得不同亲本优良性状的纯合子，子二代才出现相关个体，A错误；
B、杂交育种过程中子二代已经出现纯合子了，B错误；
C、杂交育种过程中子二代已经出现纯合子了，但是还存在杂合子，所以要连续自交，因此子二代、子三代都有纯合子，C正确；
D、杂交育种过程中子二代已经出现纯合子了，且随着自交次数的增加，纯合子的比例逐渐增加，D错误．
故选：C．