霉菌的菌落有浓厚的毛茸茸的菌丝,显微镜下（40倍物镜）菌丝比较粗大,而且有横隔,能看到细胞内部结构,10倍物镜就能看清菌丝的轮廓.
酵母菌的菌落比较厚,显微镜下是椭圆形细胞,有的大细胞上还带着较小的芽（小细胞）,40倍物镜下可以看到细胞中的细胞器.
细菌的菌落比较稀薄,单细胞很小,低倍（10倍）显微镜下看不清,油镜下（100倍物镜）才能看清轮廓,看不到细胞内部结构.
放线菌是丝状细菌,菌落有干干的类似霉菌的菌丝,但是比霉菌细小的多,也需要油镜100倍物镜）才能看清楚轮廓,看不到细胞内部结构.
病毒没有细胞结构,没有细胞壁保护,因此其结构容易被破坏.对抗生素不敏感也是没有细胞结构的原因,它在寄生到宿主细胞前不具有生物活性,没有抗生素的作用靶标.
抗生素就是微生物的次级代谢产物.