A、蓝藻和洋葱表皮细胞都含有核物质，A错误；
B、蓝藻和洋葱表皮细胞都含有核糖体，B错误；
C、蓝藻和洋葱表皮细胞都含有DNA，C错误；
D、蓝藻细胞属于原核细胞，洋葱表皮细胞属于真核细胞，原核细胞与真核细胞最明显的区别是原核细胞没有核膜包被的成形的细胞核，D正确．
故选：D．