惠帝建文元年(1399),燕王朱棣发动争夺皇位的战争.惠帝廷议讨伐,诏檄也都出于方孝孺之手.朱棣夺得皇位后要他投降并命他起草诏书,他却写了“燕贼篡位”四字,于是被杀,宗族亲友株连者数百人.