浅显的说,分子是保持物质化学性质的最基本单位,把一个分子切开它就不再具有原来的性质,但如果把一块晶体（不论是离子晶体、分子晶体或原子晶体）切开的话,各种性质不会改变.
晶体是由多个基本重复单元（晶胞）构成的,分子则没有这种性质.当然在更高级的化学中,可以认为晶体是由许多原子或阴阳离子或离子与电子构成的“巨大分子”.