DNA的核糖和磷酸围成双链结构骨架后,其内部空间是有限的,四个碱基也有一定的空间构型,大小不一,只有A与T配对、G与C配对,才能正好在DNA内部“装下”,另外,A与T各有两个氢键,G与C各有三个氢键,它们通过氢键相连,这样配对也比较稳定.
如果在DNA之外,其它碱基配对方式也是可以有的.但是在DNA结构中,由于上述原因,只能遵守碱基配对原则.