因为水体富营养化,水体表面生长的藻类植物有充足的营养导致大量繁殖,消耗过多氧气,致使底层堆积的有机物质在厌氧条件分解产生的有害气体和一些浮游生物产生的生物毒素会伤害鱼类,鱼类大量死亡.细菌和真菌也会大量繁殖也消耗了氧气使水体中含氧量更低.
水内氧气会逐渐减少,水内生物也会因氧气不足而死亡.死去的藻类和生物又会在水内进行氧化作用,水体也会变得很臭,水资源也会被污染的不可再用.因富营养化水中含有硝酸盐和亚硝酸盐,人畜长期饮用这些物质含量超过一定标准的水,也会中毒致病.