花生根瘤的形成是由于土壤中的根瘤菌侵入根部组织所致.根瘤菌自根毛侵入,存在于根皮层的薄壁细胞中.根瘤菌在皮层细胞中迅速分裂繁殖,同时皮层细胞因根瘤菌侵入的刺激,进行细胞分裂,皮层细胞数目增加,体积膨大,形成瘤状凸起就是根瘤.花生根瘤圆形,直径一般1~5毫米,多数根瘤着生在主根的上部和靠近主根的侧根上,在胚轴上亦能形成根瘤.根瘤的大小、着生部位、内部颜色等都与固氮能力有关,主根上部和靠近主根的侧根上的根瘤较大,固氮能力较强.