A、已知男性患有色盲，基因型是X^bY，他的一个次级精母细胞处于分裂后期时，可能存在两个Y染色体，但是Y染色体上没有色盲基因，A错误；
B、该色盲男性的一个次级精母细胞处于分裂后期时，可能存在两个X染色体，且色盲基因在X染色体上，B正确；
CD、该色盲男性次级精母细胞中已经不存在同源染色体，因为同源染色体X与Y在减数第一次分裂是已离，进入了不同的次级精母细胞了，CD错误．
故选：B．