经过两性细胞结合而形成的孢子称为有性孢子.
　　霉菌的有性繁殖过程一般分为三个阶段,即质配、核配和减数分裂.质配是两个配偶细胞的原生质融合在同一个细胞中,而两个细胞核并不结合,每个核的染色体数都是单倍的.核配即两个核结合成一个双倍体的核.减数分裂则使细胞核中的染色体数目又恢复到原来的单倍体.
　　有性孢子的产生不及无性孢子那么频繁和丰富,它们常常只在一些特殊的条件下产生.
　　常见的有卵孢子、接合孢子、子囊孢子和担孢子,分别由鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门和担子菌亚门的霉菌所产生.