近似数是5.39的三位小数，千分位舍去的有：5.391、5.392、5.393、5.394，共计4个，
进一的有：5.385、5.396、5.387、5.388、5.389，共计5个，
所以近似数是6.39的三位小数一共有：4+5=9个；
故选：B．