I waited for an hour.我等了一个小时【等待已经结束,此刻等待了一小时,表示一个时间点】
I had waited for an hour.（until you got here) 我已经等了一个小时（直到你出现）【在过去的一段时间里,对过去的动作有影响】
I had been waiting for an hour.在过去的一个小时里我一直在等,（直到你出现）【更强调动作的延续】
后两者需要具体的语境,个人感觉过去完成时和过去完成进行时,前者强调结果【你出现了,所以我不用等了】,后者强调过程【等了一个小时那么久】