“坐在椅子上”有两种分析,一种分析为：
“坐在|椅子上”（动宾关系）,理由是：
第一,从音节停顿上来看,我们是读作“坐在|椅子上”,而不是“坐/在椅子上”.
第二,从加动态助词的位置来看,“了”可以加在“坐在”和“椅子上”之间,变成“坐在（了）椅子上”.
另一种分析为“坐〈在椅子上〉”,理由是：“坐〈在椅子上〉”可以变换为：“〔在椅子上〕坐”.
这两种分析都是正确的,并且都有理由.正确的答案并不是只有一种.
第一种答案,重视的是语音停顿,第二种答案重视的是变换关系.因此都是正确的.