一个核苷的3ˊ羟基与另一个核苷的5ˊ羟基与同一分子磷酸酯化,就形成了一个磷酸二酯键.
因此磷酸二酯键实际上是一个原子团,而不是严格意义上的化学键.
由于相邻核苷酸的糖的3′－OH和5′－OH中磷酸分子脱氢,五碳糖脱去羟基而形成磷酸二酯键而聚合起来.此键可由酸、碱或酶的作用而水解.