从生物学角度来说,素食是吃那些自己制造有机物的植物等等,它们的营养方式是自养.肉食是吃那些自己制造不了有机物,需要直接或间接以植物为食的生物,营养方式是异样.
而你说的微生物,是一个形态学上的词,微小的生物叫微生物.水里的衣藻、栅栏藻等藻类很小,可以归为微生物,但他们属于植物,也就是素食.但像鞭毛虫、变形虫等的又属于动物,也就是吃肉.
而你说的鱼吃微生物,我的理解来说,准确来说大部分应该是水里的藻类（藻类不一定是大的,也有微小的,我上文提到）.所以应该是素食吧.