这个范围太广,我仅从实验操作角度和遗传角度来回答：
诱变育种优点：操作简单；缺点：后期工作量太大,有很大的盲目性.
原生质体融合优点：克服远源杂家不融合,操作比较简答；缺点：实验模型的建立像抗性标记的选择什么的对实验影响很大.
DNA重组优点：把特定的基因组合到载体上,再转入工程菌中,定向改组DNA,克服远源杂家不融合；缺点：操作复杂,成功几率有很大的运气成分.
个人推荐：要想做育种用用基因组shuffling.