What do you think of it?这个句子是一般现在时,特殊疑问句结构是：特殊疑问词 + 一般疑问句,而一般现在时的一般疑问句的结构是：Do/ does + 主语 + 动词原形,所以用助动词do
What are you thinking aobut?是现在进行时,结构是：be doing (现在分词）,主语是you,所以用are