A、化学变化的实质是有新物质生成，有新物质生成也就有新分子生成，即分子一定变；故A正确；
B、原子是化学变化中的最小粒子，在化学变化中不能再分；故B不正确；
C、原子是由原子核和核外电子构成．原子在化学变化中不能再分，原子核也不能分；故C不正确；
D、原子是由原子核和核外电子构成．原子在化学变化中不能再分，核外电子也不能分；故D不正确；
故选A