A、有遗传效应的基因能控制一种生物性状的表现，A正确；
B、有遗传效应的基因能直接指导或间接调控蛋白质的合成，B正确；
C、一个基因并不只是控制一个氨基酸，一个氨基酸是由mRNA上的一个密码子直接决定的，C错误；
D、基因是有遗传效应的DNA片段，能够转录一种mRNA，D正确．
故选：C．