我想你要表达的是
“他可能被拒绝进入大学”.
如果是的话,正确的说法是第二句：
He could be denied admission to universities.
但把 to 换为 by 更精确：
He could be denied admission by universities.
第一句有歧义,这是因为 admission 和 deny 各有数个不同意思
（比如 admission 的另一个意思是 承认,而 deny 的另一个意思是 否认）
第 3 句只改一个单词意思就和第一句相同了：
The university could deny him admission.
这里 deny him admission 意思是 “拒绝他进入”.
我是加拿大人,英语是我第一语言.