选D
A、在线粒体中则会发生C6H12O6→C3,错,该过程发生于细胞质基质（细胞溶胶）
B、ATP和［H］在……在线粒体中随水的生成而产生,细胞呼吸的前两个阶段也有ATP与[H]生成
C、化学能转变成光能发生在线粒体中,错线粒体无此功能
D、正确.叶绿体的类囊体结构,线粒体的折叠内膜都增大了膜的表面积.萤火虫发光算不算化学能转变成光能？在线粒体吧？萤火虫的发光，简单来说，是荧光素（luciferin）在催化下发生的一连串复杂生化反应。该过程不在线粒体。