可将限制性内切酶分为两大类：一类是切割部位无特异性的；另一类是可特异性地识别核苷酸序列,即只能在一定的DNA序列上进行切割.
所谓“限制性”不是指它只切一种酶,而表示它的作用场所有限制,这种切割作用是在DNA分子内部进行.