酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分,酶蛋白的大部分氨基酸残基并不与底物接触.组成酶活性中心的氨基酸残基的侧链存在不同的功能基团,如-NH2、-COOH、-SH、-OH和咪唑基等,它们来自酶分子多肽链的不同部位.有的基团在与底物结合时起结合基团(binding group)的作用,有的在催化反应中起催化基团(catalytic group)的作用.但有的基团既在结合中起作用,又在催化中起作用,所以常将活性部位的功能基团统称为必需基团(essential group).它们通过多肽链的盘曲折叠,组成一个在酶分子表面、具有三维空间结构的孔穴或裂隙,以容纳进入的底物与之结合（图4-1）并催化底物转变为产物,这个区域即称为酶的活性中心.
而酶活性中心以外的功能集团则在形成并维持酶的空间构象上也是必需的,故称为活性中心以外的必需基团.对需要辅助因子的酶来说,辅助因子也是活性中心的组成部分.酶催化反应的特异性实际上决定于酶活性中心的结合基团、催化基团及其空间结构.