A、Cl2属于单质，则Cl元素的化合价为0；NaCl中Na元素的化合价为+1，则Cl元素的化合价为-1价，故A错误；
B、NH4Cl中Cl元素的化合价为-1价，H元素的化合价为+1价，则N元素的化合价为-3价；HNO3中H元素的化合价为+1价，O元素的化合价为-2价，则N元素的化合价为+5价，故B错误；
C、MnO2中O元素的化合价为-2价，则Mn元素的化合价为+4价；K2MnO4中O元素的化合价为-2价，K元素的化合价为+1价，则Mn元素的化合价为+6价，故C错误；
D、P2O5中O元素的化合价为-2价，则P元素的化合价为+5价；Ca3（PO4）2中Ca元素的化合价为+2价，O元素的化合价为-2价，则P元素的化合价为+5价，符合题意，故D正确；
故选D．