A.at the end of 在尽头,在结束时； 表时间点,一般句子用过去式
B.by the end of 在结束时,到结束为止； 表时间段,一般句子用过去完成时
C.in the end of 终于,最后
D.to the end 到底；始终；直到最后
根据句意,是指到上学期末,我们已经学了超过2,000个英语单词
这里 had learnt 指过去的过去,用了过去完成时
因此选B.by the end of 为正确答案