A、蛋白质的多样性的原因之一是组成蛋白质的氨基酸的数目不同，A错误；
B、氨基酸在形成肽链时，不同种类的氨基酸的排列顺序千变万化是蛋白质分子多样性的原因之一，B错误；
C、组成蛋白质的氨基酸的种类有20种，C正确；
D、肽链的空间结构的千变万化是蛋白质多样性的原因之一，D错误．
故选：C．