A、Y可能是载体蛋白，载体蛋白位于细胞膜上，A正确；
B、Y可能是抗体，抗体位于体液中，B正确；
C、位于染色体上的蛋白质不具有催化功能，消灭抗原的功能和运输功能，因此Y不可能位于染色体上，C错误；
D、由分析可知，Y可能是蛋白质，蛋白质有的含有S元素，D正确．
故选：C．