根据词语表面意思理解
could来自于can表示能够 could have done 就是说“本能够做到什么”（隐含当时没能达到这个能力）
would来自于will表示推测 would have done 是说“本将会怎么做”（隐含当时没有这个意愿）
前者侧重说能力,后者侧重说意愿.
本来有能力做到的不一定是意愿做的,本来意愿做到的一定是本来也有能力做到的.这就是细微差别吧.当然是我自己的理解.
举两个例子：
1、“这道题错的真可惜,考试时候本来可以做对的.”用could have done 因为这里想表达当初可以做对这一“能力”；而不存在“当时没有做对的意愿”
2、“我要是当时把门锁上了,家里就不会失窃了.”用would have done 因为这里表达当初可以把门锁上的这一“意愿”,作者在暗示后悔自己当时没想着去锁门而不是“没能力锁门”.
当然具体意思差别不大,