所有细胞器和细胞质颗粒中的遗传物质均为细胞质遗传的物质基础.细胞器基因组包括：线粒体基因组、叶绿体基因组、动粒基因组、中心粒基因组、膜体系基因组等；非细胞器基因组包括细胞共生体基因组、细胞质粒基因组等.